Untuk menyelaraskan hubungan organisasi antara INKOPPABRI dengan PEPABRI, Pengurus Besar PEPABRI mengeluarkan Surat Keputusan Nomor: 1331/PB/1978 tanggal 29 November 1978 yang isinya antara lain menyatakan bahwa INKOPPABRI berstatus otonom. Selanjutnya pada tanggal 20 Februari 2009 untuk menegaskan hal tersebut dikeluarkan SKB antara DPP PEPABRI yang ditandatangani oleh Jenderal TNI (Purn) Agum Gumelar (Ketua Umum DPP PEPABRI) dan INKOPPABRI yang ditandatangani oleh Marsdya TNI (Purn) Tamtama Adi (Ketua Umum INKOPPABRI) Nomor: SKEP/015/II/DPP/2009 dan Nomor: SKEP/08/II/INKOP/2009 sebagai pedoman untuk menjalin koordinasi dan sinergi yang harmonis antara kedua institusi tersebut, sehingga akselerasi peningkatan kesejahteraan purnawirawan dan warakawuri TNI-Polri yang menjadi anggota / warga Koppabri dapat diwujudkan.

Pengurus INKOPPABRI tetap menjaga integritasnya sebagai usaha yang otonom dan hanya mengenal satu tanggung jawab, ialah kepada Rapat Anggota KOPPABRI. Kekuasaan rapat anggota ini tercermin sebagai perwujudan demokrasi Pancasila, yang tercantum di dalam Pasal 33 UUD 1945. Segala Gerak usaha KOPPABRI merupakan pelaksanaan dari kehendak para anggotanya yang ditegaskan dalam Keputusan RAT yang merupakan kekuasaan tertinggi yang berlaku sejak saat pembentukan sampai pembubaran koperasi, sejak pemilihan pengurus, pemilihan usaha dan tindak hukum para pengurusnya, bahkan hasil maju atau mundurnya koperasi tergantung dari kemampuan para anggota dalam rapat anggota koperasi.

Induk Koperasi Purnawirawan dan Warakawuri TNI-Polri disingkat INKOPPABRI, didirikan di Jakarta pada tanggal 3 Juli 1977 oleh 20 Pengurus Koperasi Purnawirawan ABRI dari seluruh Indonesia. INKOPPABRI mendapat pengesahan Badan Hukum dari Dirjen Koperasi Nomor: 006/DIRJRN/KOP/1978 pada tanggal 11 Juli 1978. 

Sejalan dengan Reorganisasi ABRI dimana Kepolisian RI berdiri sendiri tidak berada dibawah kendali organisasi ABRI maka sebagai konsekuensi logis dari perubahan pengorganisasian tersebut, organisasi dalam lingkup ABRI berubah menjadi organisasi yang masing-masing berdiri sendiri, yakni TNI dan Polri. Dalam kaitan reorganisasi ABRI tersebut maka organisasi PEPABRI yang mewadahi bersatunya para Purnawirawan ABRI berubah nama singkatannya dari Persatuaan Purnawirawan ABRI menjadi Persatuan Purnawirawan dan Warakawuri TNI dan Polri, sehingga INKOPPABRI juga menyesuaikan perubahan nama tersebut dari Induk Koperasi Purnawirawan ABRI menjadi Induk Koperasi Purnawirawan dan Warakawuri TNI-Polri dengan singkatan yang sama INKOPPABRI. Didalam melaksanakan pengendalian terhadap pengorganisasian INKOPPABRI yang berbadan hukum sendiri dengan prinsip kemandirian atau otonom, maka pelaksanaannya disesuaikan dengan UU Nomor 25 Tahun 1992 tentang Perkoperasian. 

Dalam perkembangan waktu dengan kelahiran PP Angkatan dan PP Polri maka wadah dari Purnawirawan ABRI (dengan urutan sesuai masa berdirinya) masing-masing adalah :

1. PEPABRI (Persatuan Purnawirawan dan Warakawuri TNI-Polri), yang berdiri pada tanggal 12 September 1959. 
2. PPAL (perubahan nama dari BKPAL) yang berdiri pada tanggal 17 Agustus 1986.
3. PPAU yang berdiri pada tanggal 24 Agustus 1998.
4. PP Polri yang berdiri pada tanggal 30 Juni 1999.
5. PPAD yang berdiri pada tanggal 6 Agustus 2003.

Dengan demikian dapat diketahui bahwa organisasi PEPABRI merupakan organisasi tertua dari Purnawirawan TNI dan Polri, dimana hubungannya dengan PP Angkatan dan PP Polri bersifat sebagai mitra sejajar. Sejalan dengan pernyataan tersebut maka INKOPPABRI menerima anggotanya yang mempunyai KTA PEPABRI dan atau mempunyai KTA dari PP Angkatan atau PP Polri sesuai dengan matra dari calon anggota personal PRIMKOPPABRI yang bersangkutan.

Berangkat dari uraian tersebut diatas, hubungan antara INKOPPABRI dan PEPABRI merupakan hubungan yang harmonis, hubungan emosional dan hubungan sejarah namun masing-masing mempunyai Badan Hukum dan latar belakang perundang-undangan sendiri dimana INKOPPABRI diikat dan tunduk pada Undang-Undang Nomor 25 Tahun 1992 tentang Perkoperasian, sedangkan PEPABRI diikat dan tunduk pada Undang-Undang Nomor 17 Tahun 2013 tentang keormasan. Mengacu kepada SKB Ketua Umum DPP PEPABRI dengan Ketua Umum INKOPPABRI Nomor : SKEP/015/II/DPP/2009 dan SKEP/08/II/INKOP/2009 tanggal 20 Februari 2009 tentang juklak pelaksanaan KOPPABRI, maka hubungan keduanya merupakan hubungan untuk saling bersinergi dan saling berkoordinasi.

Dengan tak melupakan sejarah terhadap proses kelahirannya yang dilakukan oleh 20 PUSKOP dari DPP PEPABRI, pada tanggal 3 Juli 1977 maka berdasarkan UU RI Nomor 25 Tahun 1992 tentang Perkoperasian, INKOPPABRI wajib untuk tunduk dan taat pada isi dan materi Undang Undang Perkoperasian tersebut. Dalam Undang Undang tersebut INKOPPABRI berada dibawah pembinaan Menteri yang membidangi perkoperasian.